
За 15-летнюю тренерскую карьеру Муньос успел потренировать "Мальорку", "Логронес", ФК "Ллейда", "Вильярреал", "Сарагосу", "Панатинаикос", "Рекреативо". Последним местом его работы был "Хетафе", откуда он был уволен в апреле 2009 года. В сезоне 2003-2004 Муньос с "Сарагосой" выиграл Кубок и Суперкубок Испании.